El edificio Presno se constituyó como sede universitaria del Instituto de nueva creación y es la sede más importante ya que en ella se encuentran las oficinas administrativas y la oficina del director. La casa es de la época porfiriana, con decoraciones Art Nouveau notorias en varias de las cenefas de sus recámaras, vitrales de las puertas y el techo de la escalera central. Los barandales también son de época la denominación de esta casa se debe a la identificación de uno de sus antiguos propietarios, el hacendado e industrial español Marcelino Presno, situada en la antigua avenida Maximino Avila Camacho en el Núm. 208, hoy Av. Juan de Palafox y Mendoza.

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Esta disposición oficial fue natural ya que la mayoría de los académicos que habían recibido su nueva adscripción en los primeros tres meses de 1992, conservarían los espacios que habían ocupado años anteriores cuando laboraban en los centros de investigación adscritos con anterioridad al Instituto de Ciencias de la UAP: el Centro de Investigaciones Históricas y Sociales, el Centro de Historia Contemporánea, y el centro de Investigaciones Históricas del Movimiento Obrero.

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El núcleo fundamental de la Maestría en Ciencias del Lenguaje dependiente de la Facultad de Filosofía y Letras, se trasladó al Instituto el 16 de mayo de 1992 y la mayor parte de sus integrantes se trasladaron a las dependencias del Presno, no obstante, algunos profesores mantuvieron sus cubículos en el edificio Arronte o Casa de los Cañones ubicada en la avenida Juan de Palafox 219, dependiente de la Facultad mencionada, hasta que se resolvió el reacomodo de toda esta área en la Casa Amarilla.

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Mediante acuerdo de la rectoría en el año de 1995, la Casa Presno se puso a disposición y resguardo del ICSyH, no obstante que en el mismo inmueble se alojaban el Departamento de Investigaciones Arquitectónicas y Urbanísticas, el Departamento de Investigaciones del Movimiento Obrero (dependientes de la VIEP), y el Seminario de Investigaciones Políticas y Comunicación.

En 1999, el edificio fue objeto de una intervención de mantenimiento en muros, herrería y maderas, así como la adecuación moderna de sanitarios.