La primera iniciativa que se emprendió en relación con proporcionar una sede amplia y exclusiva del Instituto fue la petición que se dirigió al Lic. Mariano Piña Olaya, gobernador constitucional del Estado de Puebla bajo el título de El mesón del Cristo: sede del Instituto de Ciencias Sociales y Humanidades, elaborada por el licenciado Alfonso Vélez Pliego y el maestro Agustín Grajales Porras. Dicho inmueble se localiza en la avenida 8 Oriente 216.

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Los elementos estructurales del Mesón del Cristo permitían proponer su refuncionalización para diversas actividades de investigación y docencia de posgrado, de servicios bibliotecarios y administrativos. Sin embargo, la casa todavía conserva el estilo de las residencias coloniales con un patio principal y en el primer piso un corredor con barandal de hierro. Hay restos de la pintura original en algunas de sus paredes y es digno de destacar el cubo de la escalera por el cual se puede acceder al entresuelo y al primer piso. En respuesta a la petición original, el Gobierno del Estado, a cambio, cedió a título gratuito en el año de 1992 el inmueble denominado de la Aduana Vieja.

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El inmueble, no obstante, se encontraba en condiciones lamentables y sumamente peligrosas para su ocupación, lo cual hacía que su rehabilitación fuera sumamente costosa y de larga duración. Merced a las gestiones del licenciado Alfonso Vélez Pliego ante el gobernador Lic. Melquiades Morales Flores, se concretó el traslado de dominio del edificio de La Aduana Vieja en el mes de diciembre de 1999, mediante decreto que tuvo a bien aprobar el H. Congreso del Estado.

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Desde entonces, los trabajos de restauración por parte del Instituto se llevaron a cabo de manera lenta y por etapas en función de los flujos presupuestales asignados por la administración universitaria, los cuales culminaron 15 años después de su donación.

La ocupación e inauguración de La Aduana Vieja se llevó a cabo el 3 de octubre de 2007. El inmueble albergó a todos los investigadores de las distintas áreas provenientes de la Casa Mora, así como a una parte de los del área de Historia. Igualmente, se dispusieron aulas para ampliar el servicio a los distintos programas de posgrado y se acomodó a una parte de los asuntos administrativos y de publicaciones. Posteriormente se trasladó al mismo predio la hemeroteca del ICSyH, la cual aún permanecía en la Casa del Arco.